El gran desafío de la implementación de este modelo está basado en el liderazgo del sostenedor, del director y equipo directivo. La relación efectiva entre ellos permite instalar y promover el diseño de un plan de desarrollo institucional que articula y sistematiza los planes de mejoramiento como los derivados del PEI, del plan de mejora (por ejemplo, los surgidos de la Ley SEP) u otras planificaciones de acuerdo a los lineamientos de la política pública.
Los ejes estructurales de su función residen en la conducción de la elaboración, implementación y evaluación del PEI. El fortalecimiento de la cultura escolar de la escuela católica franciscana como expresión de la comunidad educativa. La selección, inducción y acompañamiento del personal docente y asistentes de la educación y en apoyar y favorecer la alianza familia-escuela y animación pastoral.